Está voltada para o estudo, planejamento e monitoramento de bacias hidrográficas e de recursos hídricos de maneira integrada. Além de enfocar a influência da floresta no ciclo hidrológico, objetiva conservar o espaço territorial natural, tendo a conservação dos recursos hídricos como meta, considerando a indissociabilidade entre a quantidade e a qualidade da água. Visa garantir a adequação dos meios de exploração dos recursos ambientais (naturais, econômicos e socioculturais) às especificidades do meio ambiente. Abrange também os estudos do meio ambiente orientadas pelas políticas ambiental e de recursos hídricos. Como produto maior dos conceitos abordados, essa linha procura fornecer as bases técnico-científicas para a elaboração dos planos hidrológicos de bacias hidrográficas.

Visa reunir informações para o entendimento de processos relacionados a estrutura e o funcionamento das principais unidades fitoecológicas, especialmente as do estado do Paraná. Estudos de populações e de comunidades vegetais, considerando aspectos ambientais de caráter microclimáticos, geomorfológicos e pedológicos, ciclagem de nutrientes, sucessão e distribuição fitogeográfica, são temas que envolvem fortemente essa linha de pesquisa. Com base nas informações geradas, infere-se sobre a conservação de segmentos das unidades estudadas e limitações de manejo.

Na arborização urbana, composta da arborização de ruas e áreas verdes, envolve estudos, análises e avaliações correlacionadas com os fatores do ecossistema urbano, tais como: clima, solo, vegetação remanescente e população humana. No estudo da paisagem são desenvolvidas metodologias de valoração para a aplicação no planejamento de uso e ocupação territorial, avaliação de impactos ambientais, proteção de recursos cênicos e desenvolvimento turístico. Utilizam-se também conhecimentos da percepção, comportamento e atitude humana para o estabelecimento de estratégias de envolvimento da comunidade no planejamento e na proteção da paisagem.

Visa analisar, em termos teóricos e práticos, as políticas de conservação da natureza relativas aos objetivos, planejamento, manejo e administração de unidades de conservação de proteção integral (uso indireto) e de manejo sustentável (uso direto). Visa gerar conhecimentos sobre relações entre ambiente, vegetação e fauna. O objetivo geral é identificar aspectos manipuláveis da vegetação, com efeitos marcantes sobre a fauna, para a proposição de modificações de técnicas silviculturais ou de manejo da atividade florestal comercial, a fim de criar condições de vida (hábitat) para uma fauna. Visa estudos microclimáticos e meteorológicos na conservacão da biodiversidade e proteção de florestas.

Pesquisas sobre o papel do fogo nos ecossistemas florestais, os efeitos produzidos nos ecossistemas, relação flora e fogo, fauna e fogo. Pesquisas sobre prevenção e combate aos incêndios florestais; desenvolvimento e avaliação de métodos para prevenção. Monitoramento e modelagem de incêndios florestais.